Материально, долгосрочная память выражается через изменения в структуре и числе синапсов и поэтому требует транскрипции и синтеза многих синаптических белков. Транскрипция запускается особыми белками, которые называются транскрипционными факторами. Процесс запоминания связан с действием многих транскрипционных факторов. Следует отличать консолидацию от реконсолидации (повторной консолидации). Они различаются и по механизмам. Например, консолидация памяти в гиппокампе связана с BDNF, но не Egrl, тогда как при реконсолидации наблюдается обратное отношение (Lee et al., 2004). Транскрипционный фактор NGFI-B активируется при консолидации, но не реконсолидации. Эти и другие факты свидетельствуют о транскрипционной специфичности консолидации и реконсолидации, последняя лишь частично рекапитулирует процессы консолидации на уровне транскрипции (Alberini, 2005).