В те отдалённые времена конца силура и девона существовали настоящие челюстноротые рыбы. Наиболее древние из них принадлежали к группам Coccostei, Pterichthyes, Acanthodii и Elasmobranchii. Их современники, высшие — Teleostomi—принадлежали к кистепёрым, двудышащим и палеонисцидам, т. е. первобытным лучепёрым. Coccostei и Pterichthyes объединяются иногда палеонтологами под именем Placodermi. Это были малоподвижные придонные обитатели, защищенные от врагов мощным костным панцырем. Некоторые из них обладали теменными глазами. Среди Coccostei можно проследить постепенный переход к свободно плавающим формам, вплоть до гигантских Dinichthys (9 м) и Titanichthys (верхний девон). По современным представлениям, можно считать, что Coccostei или родственные им рыбы дали начало Elasmobranchii (акулообразным), Acanthodii, или так называемым «колючим» акулам, а также Teleostomi, или совершенным рыбам. По крайней мере их роднит ряд общих признаков. Особенно интересны Pterichthyes. Последние имели мощный костяной панцырь, покрывавший голову и туловище. Грудные плавники были превращены в своеобразные шипы, способствовавшие движению. Pterichthyes применяли свои конечности для гребли наподобие вёсел и, вероятно, в то же время могли пользоваться ими для ползания по дну. Конечно, они были плохими пловцами. Древнейшими из Elasmobranchii являются Cladosetache. Эти типичные активные хищники имели кладодонтные зубы, т. е. зубы с главным серединным зубцом и не сколькими боковыми, меньших размеров. Cladosetache жили в море и хорошо плавали. Но их было не много родов и семейств, и в течение каменноугольного периода они вымерли. От них произошли различные группы акул, в частности разнозубые (Heterodontidae) акулы, придонные обитатели и плохие пловцы. К разнозубым относятся и некоторые виды, дожившие до настоящего времени. Очень интересны среди них представители семейств эдестид, обстоятельно изученные покойным акад. А. П. Карпинским. По мнению некоторых учёных, эдестиды стоят ближе к первобытным химерам, чем к акулам. Палеозойские акулообразные, произошедшие от Cladoselache, относятся к медлительным разнозубым, которые питались моллюсками и мелкими животными. Расцвет акул приходится на третичное время, когда океанические гиганты плавали на громадных просторах мирового океана. Их острые долотообразные зубы в 12—15 см каждый до сих пор попадаются при драгировках в Тихом океане. Судя по величине зубов, можно предположить, что эти чудовища имели в длину 20—30 м. Нужно отметить, что и у акул типично пелагическая торпедообразная форма развилась значительно позже — не ранее юры. Среди высших рыб наиболее совершенные формы развились также не сразу. Палеозойские рыбы начинают свою историю с донных рыб и только постепенно развивают и совершенствуют искусство плавания. Древнейшие кистепёрые и произошедшие от них двудышащие рыбы были сравнительно неуклюжими и малоподвижными. Часто они жили в водоёмах, вода которых была испорчена гниющими растительными остатками. Это заставляло кистепёрых искать лучших условий и выходить на воздух и создало предпосылки к возникновению из них земноводных лабиринтодонтов (Labyrinthodonti). Некоторые кистепёрые обладали даже пинеальным органом, свойственным только донным обитателям. Двудышащие населяли пресные воды и были широко расселены по земному шару. Древнейшие лучепёрые плавали относительно хорошо; они имели гетероцеркный хвост, т. е. с хордой, входящей в верхнюю лопасть хвоста; у них были парные плавники; но их тело было сплошь покрыто ганоидной чешуей, не допускавшей свободного бокового изгибания, необходимого для наиболее совершенного движения. В мезозое встречались голые осетровые (Chondrosteus), способные к далёким путешествиям (проходные рыбы). Среди высших рыб наиболее целесообразная и вполне приспособленная для быстрого и долгого плавания торпедообразная форма тела развивается сравнительно поздно. Эту форму имеют современные тунцы и макрели. Они и близкие к ним мечи-рыбы (Xiphiidae) и парусники (Histiophoridae) встречаются не ранее эоцена или олигоцена, во всяком случае — только в третичное время. Ископаемый Xi-phiorhynchus известен из палеоцена. Вообще, из современных костистых рыб лучшими пловцами следует считать сельдь, лосося, макрель, тунца и треску. Но в палеонтологической летописи они появляются не ранее юрского и мелового периодов, а частично даже в третичную эпоху. Потребовались целые геологические периоды, чтобы древнейшие виды рыб приспособились к условиям жизни в глубоких водах, изменили форму тела и научились хорошо плавать; только сравнительно недавно стало возможным говорить: плавает или чувствует себя, как рыба в воде.